Dans les terrariums naturels, les substrats ont de nombreuses fonctions et ne servent pas seulement à des fins décoratives. Ils jouent un rôle important dans la détermination du microclimat dans le terrarium. Les reptiles et les amphibiens qui creusent ont des besoins différents de ceux des espèces arboricoles, tandis que les animaux du désert préfèrent encore un autre type de substrat. La conductivité de la chaleur est importante lorsqu'une pellicule chauffante de substrat est employée et la capacité d'absorption contribuera au taux d'humidité dans l'air. Une large gamme de substrats a été développée pour les terrariums secs, humides et aquatiques naturels, tous faits de matériaux naturels.